ESIpy Documentation
Index
_
|
A
|
B
|
C
|
D
|
E
|
F
|
G
|
H
|
I
|
L
|
M
|
N
|
P
|
R
|
S
|
W
_
_add_suffix() (esipy.readfchk.Mole2 method)
_av() (esipy.IndicatorsRest method)
_av_no() (esipy.IndicatorsNatorb method)
_avs() (esipy.IndicatorsUnrest method)
_bla() (esipy.IndicatorsRest method)
_blas() (esipy.IndicatorsNatorb method)
(esipy.IndicatorsUnrest method)
_boa() (esipy.IndicatorsRest method)
_boa_no() (esipy.IndicatorsNatorb method)
_boas() (esipy.IndicatorsUnrest method)
_env (in module esipy)
_flus() (esipy.IndicatorsUnrest method)
_get_reader() (in module esipy.readfchk)
_homa() (esipy.IndicatorsRest method)
_homas() (esipy.IndicatorsNatorb method)
(esipy.IndicatorsUnrest method)
_irings() (esipy.IndicatorsUnrest method)
_kernel_exact() (in module esipy.mci)
_mcis() (esipy.IndicatorsUnrest method)
_pdi() (esipy.IndicatorsRest method)
_pdi_no() (esipy.IndicatorsNatorb method)
_pdis() (esipy.IndicatorsUnrest method)
_prep_matrices() (in module esipy.mci)
_readers (in module esipy.readfchk)
A
ao_loc_nr() (esipy.readfchk.Mole2 method)
aom (esipy.ESI property)
aoslice_by_atom() (esipy.readfchk.Mole2 method)
arom_no() (in module esipy.no)
arom_rest() (in module esipy.rest)
arom_unrest() (in module esipy.unrest)
atom_coords() (esipy.readfchk.Mole2 method)
atom_nelec_core() (esipy.readfchk.Mole2 method)
atom_pure_symbol() (esipy.readfchk.Mole2 method)
atom_symbol() (esipy.readfchk.Mole2 method)
av1245 (esipy.ESI property)
(esipy.IndicatorsNatorb property)
(esipy.IndicatorsRest property)
(esipy.IndicatorsUnrest property)
av1245_alpha (esipy.IndicatorsUnrest property)
av1245_beta (esipy.IndicatorsUnrest property)
av1245_list (esipy.IndicatorsNatorb property)
(esipy.IndicatorsRest property)
(esipy.IndicatorsUnrest property)
av1245_list_alpha (esipy.IndicatorsUnrest property)
av1245_list_beta (esipy.IndicatorsUnrest property)
av1245_pairs() (in module esipy.tools)
avmin (esipy.IndicatorsNatorb property)
(esipy.IndicatorsRest property)
(esipy.IndicatorsUnrest property)
avmin_alpha (esipy.IndicatorsUnrest property)
avmin_beta (esipy.IndicatorsUnrest property)
B
bas_angular() (esipy.readfchk.Mole2 method)
bas_atom() (esipy.readfchk.Mole2 method)
bas_len() (esipy.readfchk.MeanField2 method)
bas_nctr() (esipy.readfchk.Mole2 method)
bla (esipy.IndicatorsNatorb property)
(esipy.IndicatorsRest property)
(esipy.IndicatorsUnrest property)
bla_c (esipy.IndicatorsNatorb property)
(esipy.IndicatorsRest property)
(esipy.IndicatorsUnrest property)
boa (esipy.IndicatorsNatorb property)
(esipy.IndicatorsRest property)
(esipy.IndicatorsUnrest property)
boa_alpha (esipy.IndicatorsUnrest property)
boa_beta (esipy.IndicatorsUnrest property)
boa_c (esipy.IndicatorsNatorb property)
(esipy.IndicatorsRest property)
(esipy.IndicatorsUnrest property)
boa_c_alpha (esipy.IndicatorsUnrest property)
boa_c_beta (esipy.IndicatorsUnrest property)
build() (esipy.readfchk.Mole2 method)
build_connec_no() (in module esipy)
(in module esipy.tools)
build_connec_rest() (in module esipy)
(in module esipy.tools)
build_connec_unrest() (in module esipy)
(in module esipy.tools)
build_connectivity() (in module esipy)
(in module esipy.tools)
build_eta() (in module esipy.tools)
C
compute_av1245() (in module esipy)
(in module esipy.indicators)
compute_av1245_no() (in module esipy)
(in module esipy.indicators)
compute_bla() (in module esipy)
(in module esipy.indicators)
compute_boa() (in module esipy)
(in module esipy.indicators)
compute_boa_no() (in module esipy)
(in module esipy.indicators)
compute_flu() (in module esipy)
(in module esipy.indicators)
compute_homa() (in module esipy)
(in module esipy.indicators)
compute_homer() (in module esipy)
(in module esipy.indicators)
compute_iring() (in module esipy)
(in module esipy.indicators)
compute_iring_no() (in module esipy)
(in module esipy.indicators)
compute_mci() (in module esipy.mci)
compute_pdi() (in module esipy)
(in module esipy.indicators)
compute_pdi_no() (in module esipy)
(in module esipy.indicators)
connec (esipy.ESI property)
copy() (esipy.readfchk.Mole2 method)
D
deloc_no() (in module esipy.no)
deloc_rest() (in module esipy.rest)
deloc_unrest() (in module esipy.unrest)
E
en (esipy.IndicatorsNatorb property)
(esipy.IndicatorsRest property)
(esipy.IndicatorsUnrest property)
ESI (class in esipy)
ESIInput (class in esipy.input)
esipy
module
esipy.atomicfiles
module
esipy.indicators
module
esipy.input
module
esipy.make_aoms
module
esipy.mci
module
esipy.no
module
esipy.readfchk
module
esipy.rest
module
esipy.tools
module
esipy.unrest
module
exclude (esipy.ESI property)
F
FchkMolecule (class in esipy.readfchk)
FchkReader (class in esipy.readfchk)
filter_connec() (in module esipy.tools)
find_di() (in module esipy.tools)
find_di_no() (in module esipy.tools)
find_dis() (in module esipy.tools)
find_distances() (in module esipy.tools)
find_first() (esipy.readfchk.FchkReader method)
find_flurefs() (in module esipy.indicators)
find_lis() (in module esipy.tools)
find_middle_nodes() (in module esipy.tools)
find_multiplicity() (in module esipy.tools)
find_node_distances() (in module esipy.mci)
find_ns() (in module esipy.tools)
find_rings() (in module esipy)
(in module esipy.tools)
flu (esipy.IndicatorsNatorb property)
(esipy.IndicatorsRest property)
(esipy.IndicatorsUnrest property)
flu_alpha (esipy.IndicatorsUnrest property)
flu_beta (esipy.IndicatorsUnrest property)
format_partition() (in module esipy)
(in module esipy.tools)
format_short_partition() (in module esipy)
(in module esipy.tools)
from_file() (esipy.input.ESIInput static method)
from_string() (esipy.input.ESIInput static method)
G
geo (esipy.IndicatorsNatorb property)
(esipy.IndicatorsRest property)
(esipy.IndicatorsUnrest property)
get_natorbs() (in module esipy.tools)
get_ovlp() (esipy.readfchk.MeanField2 method)
get_partition() (in module esipy.atomicfiles)
H
has_ecp() (esipy.readfchk.Mole2 method)
homa (esipy.IndicatorsNatorb property)
(esipy.IndicatorsRest property)
(esipy.IndicatorsUnrest property)
homer (esipy.IndicatorsNatorb property)
,
[1]
(esipy.IndicatorsRest property)
(esipy.IndicatorsUnrest property)
I
IndicatorsNatorb (class in esipy)
IndicatorsRest (class in esipy)
IndicatorsUnrest (class in esipy)
info_no() (in module esipy.no)
info_rest() (in module esipy.rest)
info_unrest() (in module esipy.unrest)
intor() (esipy.readfchk.Mole2 method)
intor_symmetric() (esipy.readfchk.Mole2 method)
iring (esipy.IndicatorsNatorb property)
(esipy.IndicatorsRest property)
(esipy.IndicatorsUnrest property)
iring_alpha (esipy.IndicatorsUnrest property)
iring_beta (esipy.IndicatorsUnrest property)
is_fused() (in module esipy.tools)
L
load_file() (in module esipy)
(in module esipy.tools)
M
make_aoms() (in module esipy)
(in module esipy.make_aoms)
make_basis() (in module esipy.readfchk)
make_rdm1() (esipy.readfchk.MeanField2 method)
mapping() (in module esipy.tools)
mci (esipy.ESI property)
(esipy.IndicatorsNatorb property)
(esipy.IndicatorsRest property)
(esipy.IndicatorsUnrest property)
mci_alpha (esipy.IndicatorsUnrest property)
mci_beta (esipy.IndicatorsUnrest property)
MeanField2 (class in esipy.readfchk)
module
esipy
esipy.atomicfiles
esipy.indicators
esipy.input
esipy.make_aoms
esipy.mci
esipy.no
esipy.readfchk
esipy.rest
esipy.tools
esipy.unrest
mol_info() (in module esipy)
(in module esipy.tools)
Mole2 (class in esipy.readfchk)
molinfo (esipy.ESI property)
multiprocessing_mci() (in module esipy)
(in module esipy.indicators)
(in module esipy.mci)
multiprocessing_mci_no (in module esipy.mci)
multiprocessing_mci_no() (in module esipy)
(in module esipy.indicators)
N
nao_nr() (esipy.readfchk.Mole2 method)
P
partition (esipy.ESI property)
pdi (esipy.IndicatorsNatorb property)
(esipy.IndicatorsRest property)
(esipy.IndicatorsUnrest property)
pdi_alpha (esipy.IndicatorsUnrest property)
pdi_beta (esipy.IndicatorsUnrest property)
pdi_list (esipy.IndicatorsNatorb property)
(esipy.IndicatorsRest property)
(esipy.IndicatorsUnrest property)
pdi_list_alpha (esipy.IndicatorsUnrest property)
pdi_list_beta (esipy.IndicatorsUnrest property)
permute_aos_rows() (in module esipy.tools)
print() (esipy.ESI method)
process_fragments() (in module esipy)
(in module esipy.tools)
R
read_aoms() (in module esipy)
(in module esipy.atomicfiles)
read_atomic_symbols() (in module esipy.readfchk)
read_from_fchk() (in module esipy.readfchk)
read_level_theory() (in module esipy.readfchk)
read_list() (esipy.readfchk.FchkReader method)
read_list_from_fchk() (in module esipy.readfchk)
read_molinfo() (in module esipy)
(in module esipy.atomicfiles)
read_occs() (in module esipy.atomicfiles)
read_orbs() (in module esipy.atomicfiles)
read_wfx_info() (in module esipy.atomicfiles)
readaoms() (esipy.ESI method)
readfchk() (in module esipy.readfchk)
rings (esipy.ESI property)
S
save_file() (in module esipy)
(in module esipy.tools)
sequential_mci() (in module esipy)
(in module esipy.indicators)
(in module esipy.mci)
sequential_mci_no (in module esipy.mci)
sequential_mci_no() (in module esipy)
(in module esipy.indicators)
W
wf_type() (in module esipy)
(in module esipy.tools)
wfxnotfound (in module esipy.atomicfiles)
write_aoms() (in module esipy)
(in module esipy.atomicfiles)
write_wfx() (in module esipy.atomicfiles)
writeaoms() (esipy.ESI method)
Contents:
Introduction
Citation
Installation Guide
Installing via pip
Installing from source
Theoretical Background
Hilbert-space partitioning
Electron-Sharing Indices
Para-delocalization index (PDI)
Iring
Multicenter index (MCI)
AV1245 and AVmin
Fluctuation Index (FLU)
Bond Order Alternation (BOA)
Geometrical Indicators
HOMA and HOMER
Bond-Length Alternation (BLA)
References
Getting started
ESIpy from PySCF
Dealing with AOMs
Correlated wavefunctions
ESIpy from a FCHK file
ESIpy from FCHK
Basic Usage
Input Keywords
Input file
Ring
Partition
Additional keywords
Example input file
Advanced utilities
Custom references
Partition format
AV1245 and MCI calculation
Multiple rings calculation
Ring finding algorithm
Fragments
Individual indices
MCI Timings
API Reference
esipy
Submodules
Package Contents